Strabon’un bin köy olarak belirttiği bölgede yapılan arkeolojik araştırmalarda yüzlerce höyük ve yerleşim yerinin varlığı saptanmıştır.Bu höyüklerden elde edilen seramik ve buluntulara göre Merzifon tarihinin M.Ö. 5500’lere kadar uzandığı anlaşılmıştır. Bu höyüklerde ilçemiz Ortaova köyü Onhoroz, Büyük, Küçük Küllük höyükleri (tepeleri) ve Hayrettin köyü höyükleri, en önemli Kalkolotik Eski Tunç yerleşmeleridir.
Merzifon bölgesinin Hitit döneminde de, başkent Hattuşaş’a sınır olması nedeni ile önemli bir merkez ve yerleşim yeri olduğu görülmektedir. Bu dönemde (M.Ö. 1700-700) bölgeden iki adet tabii yol geçmektedir. Bunlar:
1-Çorum-Merzifon-Havza-Kavak-Samsun yolu(bugünkü kara yolunu izlemektedir.)
2-Çorum-Merzifon-Havza-Vezirköprü-Oymaağaç güzergahıdır.
Yine bu dönemde Merzifon’a bağlı Oymaağaç köyü önemli bir Hitit yerleşim
birimidir.
Hitit’ler çağında, Hitit ticaret yolunun güvenliği ve Kaşk'a saldırılarına
karşı sınır karakolu niteliğinde, bugünkü Merzifon şehrinin ilk çekirdeği olan,
bir kale inşa edilmiştir. Anadolu’da görülen Karanlık Dönemde (M.Ö. 1200-700)
deniz kavimlerinin göçü ile Hititler’in bu bölgede hakimiyetleri son bulmuştur.
Karanlık Çağ sonrası M.Ö. 8. yüzyılda bölgedeki Hitit kentleri üzerine yerleşen
Frigler, başta Merzifon kalesi (şehir merkezi) olmak üzere çevredeki diğer
Hitit yerleşim yerlerini de onarımdan geçirerek kullanmışlardır. Ayrıca
Oymaağaç, Onhoroz, Büyük ve Küçük Küllük höyükleri de Frig yerleşim izleri
taşıyan höyüklerdir.
M.Ö. 600’lerde Anadolu’ya Kafkaslardan gelen Kimmer ve İskit akınlarıyla
birlikte, Anadolu’da Frig siyasi egemenliği son bulmuştur. Merzifon ve Gümüşhacıköy
civarında İskit hakimiyetinin çok kısa süreli de olsa varlığı bulunmaktadır. Bu
döneme ait buluntular Gümüşhacıköy-İmirler köyündeki bir mezardan çıkarılmış
olup, Amasya müzesinde sergilenmektedir.
Frig döneminden sonra Anadolu’da ve Merzifon civarında (M.Ö.6 ve 4.
Yüzyıllarda), Pers hakimiyeti görülmektedir. Anadolu'daki Pers
hakimiyetine M.Ö. 333 yılında yapılan İssos Savaşı ile son verilmiştir.
Egemen olan Amasya’yı kendilerine başkent yapan Pontos devleti kurulmuştur. Başkentin Amasya olması ile birlikte Merzifon’da önemli ticaret merkezi olmuştur. Merzifon,askeri savunma ve ticaret yolu güvenliği açısından önemli bir yer tutmuştur. Yaklaşık 200 Yıllık Pontos (Mitridatlar) dönemi M.Ö. 47’de Roma Generali Sezar ile Pontos devlet kıralı II. Pharnakes arasında, antik Zile (Zela) ile Amasya arasındaki Bacul köyünde yapılan savaşta Pontos askerleri yenilmiş ve Pontos devleti hakimiyeti zayıflamıştır. Bu tarihten itibaren bölgede Roma hakimiyet dönemi başlamıştır.
Roma döneminde, Pompeius ve Lukullus savaşları esnasında Pontos şehirleri
tahrip olmuştur. Anadolu'yu, 131 yılının sonbaharında ziyaret eden imparator
Hadrianus, Amasya şehri ve çevresinin harap halini görmüş, kentlerin imar
emrini vermiştir. Özellikle antik çağda yoğun iskan görmüş Merzifon ve
civarındaki Roma köylerini de ziyaret ederek bölgede eski tapınakların
onarımını, ayrıca yeni tapınakların da yapımı emrini vermiştir.
Bugünkü Karşıyaka (Neopolis) köyünde Zeus Stratios adına bir tapınak inşa
ettirmiştir. Bu tapınağa ait sütun başlıkları ve sunak yazıtı Amasya Müzesi
bahçesinde teşhir edilmektedir. Bölgede huzur ve sükunetin sağlanması ile
ekonomik hayat yeniden canlanmış, Merzifon şehrini çevreleyen şehir surları ve
kalesi yeniden tamir edilmiş, şehir nüfusunun artmasıyla yeni mahalleler
eklenmiştir.
Yine bu dönemde Merzifon'a bağlı olan Aktarla (Nureni) Köyü de önemli bir Roma
yerleşmesi olup, 1994 Yılında Müze Müdürlüğü'nce yapılan arkeolojik kazıda M.S.
3.yüzyıla ait, Akroterli, Bezemeli bir lahit çıkarılmıştır. Lahit müze müdürlüğünde
teşhir edilmektedir.
Roma İmparatorluğu, 395’te Doğu ve Batı olmak üzere ikiye ayrılmış, Merzifon ve
civarı Doğu Roma İmparatorluğu (Bizans) sınırları içerisinde kalmıştır.
Roma'nın bir devamı olan Bizans İmparatorluğu'nda eski yerleşmeler aynen devam
etmiş, Merzifon şehri de bu dönemde önemli bir kültür merkezi olmuştur. Bununla
birlikte 8. yüzyılın başlarında Merzifon ve civarı Arap akınlarına (Emevi)
maruz kalmış, şehir kısa bir süre Arap hakimiyetinde kaldıktan sonra tekrar
Bizans hakimiyetine girmiştir.
Merzifon ovasına hakim olan ve bu bölgedeki ticaret yolu üzerinde yer alan
Bulak Kalesi, yol güvenliğini sağlamak için konulmuştur.
11. yüzyılda bölge ile birlikte Merzifon da Danişmentlerin hakimiyetine
girmiştir. Şehrin İslam hakimiyetine girmesiyle, şehirdeki Bizans
eserlerinin bir kısmının cami ve medreseye dönüştürüldüğü bilinmektedir.
12. yüzyılda Selçuklu egemenliğine (II. Kılıç Arslan zamanı) giren Merzifon
şehri, Anadolu’nun İlhanlılar hakimiyetine girmesiyle birlikte 14. Yüzyılda İlhanlı
hakimiyetine girmiştir. Bu dönemde, Merzifon ve havalisine yönetici olarak,
Moğol kökenli valiler tayin edilmiştir. İlhanlı Hükümdarı Ebu Sait Bahadırhan
bu bölgenin idaresini, Moğol Beyi Emir Çobanoğlu Demirtaş’a vermiştir. İlhanlı
yönetiminden sonra bölge, Eratna Beyliği hakimiyetime girmiştir (1335 – 1341).
Eratna Beyi Şadgeldi Paşa Amasya ve Merzifon civarını da idaresi altına
almış, daha sonra Şadgeldi Paşa’nın oğlu Emir Ahmet ile Kadı Burhaneddin
arasında bir dizi savaşlarda sürekli el değişmiştir.
1353-1396 tarihleri arsında Merzifon ve civarı Türkmen Beylerinden
Taşanoğullarının hakimiyetinde kalmıştır. Taşanoğulları Hasan ve Ali Bey
zamanında, 1393 yılında Yıldırım Beyazid’in Amasya’yı işgal etmesiyle birlikte,
yaklaşık 3 yıl süren mücadele sonucunda Merzifon bölgesi de Osmanlı
hakimiyetine girmiştir.
Osmanlı döneminde, Sivas eyaletine bağlı Amasya Sancağının kazası olan
Merzifon önemli bir kültür merkezi olmaya devam etmiştir. 1402 yılında Yıldırım
Beyazid ile Timur arasındaki savaşta dağılan Osmanlı birliğini, Amasya
şehzadesi Çelebi Sultan Mehmet yeniden sağlayarak, Osmanlı tahtına çıkmıştır.
Bölgede sükunetin sağlanması ile Merzifon şehri de eski önemine kavuşmuştur.
Osmanlı hakimiyetine giren şehir, Kurtuluş Savaşına kadar Osmanlı hakimiyetinde
kalmıştır.
1. Dünya Savaşından sonra Merzifon 15 Mart 1919’da İngilizler tarafından işgal
edildi. İşgal altındaki Merzifon'da 16 Haziran 1919'da büyük bir miting
düzenleyerek İzmir’in işgali protesto edildi. O sırada Amasya’da bulunan
Mustafa Kemal Paşa, mitingi bir telgrafla İstanbul’daki Harbiye
Nezareti’ne bildirdi. Merzifon'luların işgal boyunca sürdürdükleri şuurlu tepki
sonucu, İngilizler 27 Eylül 1919’da Merzifon'u terk ettiler.